Po urodzeniu nasz przewód pokarmowy jest jałowy. Ale już w ciągu dwóch dni ustala się w nim równowaga mikrobiologiczna, która łatwo może zostać zaburzona. Podstawową i naturalną florę w naszych jelitach tworzą bakterie kwasu mlekowego, streptokoki, bifidobakterie, enterobakterie oraz drożdże. Część z nich produkuje różne związki hamujące rozwój drobnoustrojów chorobotwórczych, np. bakteriocyny, które uniemożliwiają rozwój salmonelli. Fizjologiczna mikroflora jelit konkuruje z organizmami chorobotwórczymi (bakteriami, wirusami, grzybami), także poprzez produkcję substancji zakwaszających środowisko jelit, pogarszając w ten sposób warunki życia innych. Konkurencja polega również na prostym „zajmowaniu miejsca“ przy ścianie jelita. Mikroflora nadtrawia oporną skrobię i ułatwia wchłanianie do organizmu związków odżywczych, z których nie skorzystalibyśmy bez ich pomocy. Produktem metabolizmu „naszych” bakterii są substancje, które odżywiają śluzówkę naszego jelita np. krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe. W ten sposób bakterie jelitowe zmniejszają objawy nietolerancji na laktozę u niektórych osób. Dzięki probiotykom mleczne produkty fermentowane są lepiej tolerowane przez osoby z nietolerancją laktozy niż mleko słodkie. Bakterie probiotyczne zwiększają też tolerancję glukozy, co objawia się zmniejszeniem indeksu, ładunku glikemicznego i zmniejszeniem stłuszczenia wątroby, co wykorzystujemy w profilaktyce cukrzycy. Bakterie żyjące w naszych jelitach produkują witaminy z grupy B i kwas foliowy. Zmniejszają poziom cholesterolu we krwi poprzez zdolność wiązania i rozkładania kwasów żółciowych, których poziom musi być uzupełniany przez syntezę de novo z cholesterolu frakcji LDL.

Przyjazne bakterie jelitowe oraz produkty ich metabolizmu poprzez samą swą masę przyspieszają pracę naszych jelit, a tym samym ułatwiają wydalanie niepotrzebnych oraz szkodliwych substancji znajdujących się w przewodzie pokarmowym i zmniejszają tendencje do zaparć.

Tak ważna dla zdrowego funkcjonowania naszych organizmów mikroflora jelitowa jest bardzo wrażliwa i podatna na zakłócenia: niewłaściwa dieta, brak ruchu, stresy, przemęczenie, nieregularny tryb życia, choroby oraz część leków (antybiotyki, chemioterapeutyki, niesteroidowe leki przeciwzapalne).  Ich działanie bakteriobójcze skutkuje likwidacją bakterii chorobotwórczych, ale także unicestwieniem większości naszej „dobrej“ mikroflory. W trakcie i po odbyciu kuracji antybiotykowej powinniśmy przywrócić równowagę w składzie flory bakteryjnej. Bakterie probiotyczne można przywracać jelitom poprzez codzienne spożywanie fermentowanych produktów mlecznych (kefiry, biojogurty, mleko acidofilne). Są zawarte również w najpopularniejszych kiszonkach – ogórkach czy kapuście, ale także w kiszonych warzywach, np. burakach czy fermentowanych produktach sojowych. Mamy duży asortyment żywności probiotycznej. Aby szczep bakterii zawarty w nich został uznany za probiotyczny musi pochodzić z organizmu człowieka, przejść szereg badań świadczących o tym, że po przejściu przez górny odcinek przewodu pokarmowego, trafi do jelit i powstanie tam odpowiednia ilość żywych komórek. Bakterie probiotyczne, aby miały odpowiednie warunki wzrostu muszą również mieć odpowiednie pożywienie – tak zwane prebiotyki. Substancje te to przede wszystkim nietrawione przez nas oligosacharydy,   pochodzące przede wszystkim z warzyw, owoców oraz produktów pełnoziarnistych. Do tych najbardziej w nie zasobnych należy cykoria, cebula i por. Produkty, które w swoim składzie zawierają pre- i probiotyk noszą nazwę synbiotyków. W sprzedaży dostępne są również preparaty farmaceutyczne wyselekcjonowanych bakterii z jednego lub kilku szczepów, niekiedy z dodatkiem prebiotyku.